Gatan är döpt efter Karl IX:s hovmarskalk Wollmar Yxkull som dog 1627 och namnet är belagt sedan 1661. Wollmar Yxkull hade en malmgård i hörnet mot Björngårdsgatan. År 1728 omnämndes gatan som "Wollmar Yxkullsgatan, tidigare Sankt Görans gata".
Wollmar Yxkullsgatan sträckte sig tidigare ända fram till Hornstulls strand i väster.